我们都知道基因组数据分析需要对已知基因组信息和新实验数据进行集成可视化。今天介绍一个R包：“Gviz”。这个包使用biomaRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询，并将其转换为例如网格图形包视口中的基因/转录本结构。可以实现基因组信息和数据的同时绘制。
输入以下代码来安装该软件包：
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Gviz")
在这个软件包中有自带的数据：
library(Gviz)library(GenomicRanges)data(cpgIslands)data(geneModels)
用view来查看数据的结构：
?
用以下的语句来绘制函数：
chr-as.character(unique(seqnames(cpgIslands)))#获取染色体名称gen-genome(cpgIslands)#获取参考序列名称atrack-AnnotationTrack(cpgIslands,name="CpG")plotTracks(atrack)itrack-IdeogramTrack(genome=gen,chromosome=chr)plotTracks(list(itrack,gtrack,atrack))
结果如下：
Perl包CIRCOS：
CIRCOS是一种通用的基因组可视化工具。作为CIRCOS独有的功能，它具有用线条表达基因的相关性和同源性以表达连锁的功能。它可以创建各种用于表达染色体之间的同源性，转移和表达调控的图例。
关于这个软件的原文链接：